甘肃油用牡丹种子具有典型的上胚轴（胚芽）休眠现象，成熟后的种子需要在一个较为温和的条件下胚根才能生长，牡丹种子下胚芽生长一年中只有一次，其条件是土壤温度从高向低过度，达到20℃左右即18℃-21℃之间下胚芽才能生根，然后经过低温春化阶段后上胚芽才能够萌发成幼苗。解除休眠的低温需要在0-5摄氏度或更低，达16天以上。赤霉素处理也是解除上胚轴（胚芽）休眠、促进萌发的有效方法。

甘肃油用牡丹种籽对萌发温度要求较低，适宜温度18-20℃，21℃以上条件不利于种子萌发，使萌发时间延长，根尖生长缓慢。

甘肃油用牡丹的幼苗以子叶出土萌发为主，但在萌发过程中胚根、子叶和胚芽均需从种孔端的小裂口处伸出。由于种皮坚硬，如果土壤不够疏松或覆土较厚，子叶不能顶出地面，造成子叶留土萌发的假象。

因此，需选择土壤疏松的苗圃地播种。播种深度在2-3cm时，能够使子叶伸出地面，防止在干旱寒冷的冬季因土层过薄而引起土壤干旱，进而影响到种籽萌发，可采用苗床覆盖秸秆或塑料薄膜的方法对土壤和种子进行保温保湿。