牡丹的果实为蓇葖果，一个果实一般有3－5个果荚，每一个果荚里含有6—14粒种子，有光泽。种子出苗率由于成熟度和播种时间的早晚不同而波动在60%—90%之间。

如果是为榨取牡丹籽油，建议采摘牡丹籽要熟透稍老时采收，才能保证营养和含油率。如果是为了繁育而留油用牡丹种子，那么当牡丹蓇葖果蟹黄色时即可采收。

如果采收过早，种子尚未成熟，则发芽率低。采收过迟，种子则老化，生根、发芽慢甚至当年不生根，延迟到第二年才生根，第三年才发芽。明代薛凤翔《牡丹八书》中讲：牡丹种“喜嫩不喜老……以色黄为时，黑则老矣”。

油用牡丹种子采收后，带壳堆放在室内通风阴凉的地方，让种子完成后熟阶段。堆放期间每隔1-2天，就要上下翻动一次，以保持种子所受的温湿度一致，防止果实堆积过厚又缺少翻动引起内部发热，产生40-50℃的高温，影响到种子胚的活性，受热后的牡丹种子即便出苗也将是抗逆性很差的弱苗。果实储藏10天左右，果壳由蟹黄色变为黑色，绝大多数牡丹蓇葖果开裂散出种子。

油用牡丹种子储藏最好选泥土地的房子堆放，堆放的地点不能过于潮湿以免腐烂，也不宜过于干燥，切勿暴晒使种皮变硬，不利于种子从果壳中脱粒。企业、农户应明白购油牡丹种子也应买这样的种子，不能因种子保持一定的水分而不要。

药农在采种方面的经验是：三年摘、四年看、五六年养、七年选。指三年生的牡丹，由于是幼年结的种子，应全部摘掉不能留种；四年生的牡丹可以根据实际情况适当留种；5、6年的植株已达壮年，所结种子充实饱满，可用来繁衍后代。